一.技术瓶颈
确切地说：目前市场上还没有真正的有机食品。因为：
真正的有机食品，需要有真正的有机农产品（原料）为基础。而要生产真正的有机农产品，需要有“合乎有机标准的土壤、肥料、环境（土地、水及空气）等等”。然而，现如今的生态环境（水、空气）、土壤的农药化肥污染，仅靠天然净化，不仅需要很长时间（闲置三年），而且也很难达到有机农业的生产标准。
特别是有机肥料，在发达城市周边，要找到没有抗生素等药物残留、重金属残留的畜禽粪便，以及无污染的有机质几乎是不可能的。而没有有机肥料，就没有有机土壤（三年闲置后也难以持续）；没有有机土壤，怎么会有有机植物？没有有机植物，哪来的有机饲料、有机农产品？没有有机饲料，又哪来的有机畜禽？
而有机技术还有另外一个死结：有机土地生产的粮食、蔬菜等，是要销售出去的，它们是不可能经过人的代谢，又回到有机土地上的。而有机种植要想持续高产，每年需要补充有机肥。这又怎么循环呢？
有机技术不发展，这些死结很难解开。
二.土地瓶颈
通常来说，有机种植、有机养殖，需要很大的地块，否则没法与普通种植、普通养殖相隔离，而要在城市周边找到大的地块，一方面不容易（很多农民不愿放弃土地），另一方面租金也支付不起。比如，归原“有机牛奶”供不应求，要扩产，可“接壤的土地上农民都不愿卖地，而且出多少钱也不行，而另找稍远的地块，管理成本又大很多”。可见整块地确实很难办。
再者农业跟工业的发展有本质的差异，工业的发展规律，今天建厂，明天生产，后天就完全可以实现销售；而明天停产，后天就可搬迁。而农业不是这个概念，有机农业更有一个资源培育的过程。光从普通土地转换到达到有机生产标准，需要经历三年的时间，更不能频繁更换产地，光认证也做不起。
三.环境瓶颈
要生产真正的有机蔬菜、有机粮食、有机水果等有机农产品，除了“只能使用有机肥、“有机”(无公害)农药外的自然农法以外，还必须要有无污染的土壤、空气、水等。
然而，在中国，水、空气、土壤的污染，仅靠天然净化（大自然自净化），很难达到有机农业的生产标准。而且，目前的有机种植，对于空气的污染根本就没有治理。所以，现有的有机蔬菜、有机粮食、有机水果等，确切地说，也是算不得真正有机。
四.肥料瓶颈
前面说了，有机技术还有另外一个死结，那就是：有机土地生产的粮食、蔬菜等，是要销售出去的，他们是不可能经过人的代谢，又回到有机土地上的。而这个死结打不开，不仅难以持续生产，而且不可能是有机的，特别最初的用量又怎么解决？
五.种子瓶颈
农业是离不开种子、种畜的。而有机种子，目前还没有专业生产的。特别是种子包衣的时代。而用普通种子是不能做有机种植的，而有机养殖，除了猪的转换期较短以外，奶牛大约要九个月，蛋鸡要从出生做起。因此，第一年，是不能做有机种植的，充其量是做转换。
六.资金瓶颈
其实，资金本来算不得瓶颈的。由于现代人已经开始对食品安全愈加重视，打着“优质、安全、生态、公平”旗帜的有机农产品消费潜力开始释放，因此，“有机农业”已经成为最受风险投资领域关注的投资热点之一。
2006年，国际最大的风险投资“红杉资本”向来自福建的蔬菜生产企业利农集团投下500万美元，资本由此高歌挺进农业领域。2010年，投资进入了高峰。青云创投和其他投资机构联合给上海多利农庄投资1000万美元。2011年年初，业界就传出消息——联想控股有意与成都共同发展现代农业。据悉目前共有12个农业投资项目正在洽谈。与联想一样，“地产大佬”万达的王建林，在北京西北延庆县有近一万亩的农田，要打造有机蔬菜基地。
此外还有汇源的朱新礼、西子电梯的王水福、浙江绿城集团的董事长宋卫平。再加上丁磊养猪（养猪4年，坦承高估自己）、刘强东种米、陈一舟养兔子。生态有机农业不缺资金可见一斑。这还没有算上当地政府的资金支持。
然而，有机农业技术上的不成熟，已经使有机农产品生产变成了一个烧钱的产业，加上有机农业最重要的特质“慢”（不上化肥，果蔬长得慢；不用农药，草、虫除得慢；不吃饲料，奶牛下奶慢，跟着就是一系列的：创收慢、增长慢、盈利慢），三五年都在亏钱（也不保证以后就赚钱），因此也只能使资本大佬们持钱兴叹，看不到希望。
七.品相瓶颈
目前，“有机蔬菜”都是以不用农药来做卖点。因此，有虫眼就成了卖点，而越是品相不好的，越想好卖。然而，蔬菜自选的结果就是，损失很大。而实际上，有虫眼的蔬菜，还有看不见的虫卵——不用农药就是这个结果。
八.用药瓶颈
现在，在各种化学物组合中，农药被认为是偷偷杀死大脑细胞的主要凶手。而目前的有机种植，很难突破用药瓶颈。
不用药，有虫长得慢、品相难看，用药，难过检验这一关。因此，“聪明的做法”是，前期用药，后期不用（白菜、甘蓝）；不是一次收获的，就开始冒险（黄瓜、西红柿）。
九.人才瓶颈
有机农业，不用农药、要用无污染的土地，因此病虫害控制、土壤改良似乎就要上通天文，下知地理，中间还要懂生物学。接下来还要学销售、建物流、懂顾客，更要懂管理。可是，这些全都都了解的人实在太少了。
另外一方面是和外围的合作，比如跟当地农民合作，和基地合作，需要对他们进行有机农业理念的导入，对方要认可企业的理念、思路，也要明白他们如何从这个过程当中得到一些甜头，感受到发展潜力，这对于大规模有机农业来说，当然需要大量的人才来做。然而真正能做出有机农产品的人有吗？
十.监管瓶颈
有机农业，要想做成品牌、做成百年老店，产品质量是最大的关键点。然而，目前的所谓有机农庄，连起码的操守都很难坚守。商超里的有机产品，农药超标几乎一检一个准，而这只是按照普通农产品的方式检验。
十一.成本瓶颈
真正的有机食品成本高，这几乎是一种普遍认识。而目前那些做有机的，不知是工艺不行，还是故意吓唬别人，把有机农业整得像个无底洞。当然，他们是需要高价租地、高价雇工（纯人力，一亩地六次除草就2000元）、高价的肥料。但问题并不在这里。事实上，成本高，是因为三年的生态修复期基本没有收益。再加上认证的费用、物流的投入（远），成本才会居高不下。而关键还在于产业链没发生作用、做不出真正有机。
十二.价格瓶颈
有机农产品鱼龙混杂、价格混乱。价格太低（有机西芹1元），让人不敢购买；而价格过高，公众消费不起。
实际上，投资农业就两个瓶颈，一个技术瓶颈、一个模式瓶颈。
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